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生物学论文_盲蝽科线粒体蛋白编码基因的比较研

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文章摘要:[目的]本研究旨在比较分析盲蝽科线粒体蛋白编码基因的碱基组成、密码子使用情况、基因进化速率等序列特征，并基于13个蛋白编码基因（PCGs）构建盲蝽科的系统发育关系，试图对盲蝽科进行系统全面的比较线粒体基因组学研究。[方法]通过NCBI中的GenBank数据库下载盲蝽科14属代表物种的线粒体基因组，利用Geneious8.0. 4抽提13个蛋白编码基因序列。利用MEGA7.0统计碱基组成、起始和终止密码子使用情况、同义密码子使用频率以及序列信息位点。在DNAsp 6.0中计算蛋白编码基因的非同义替换率（Ka）、同义替换率（Ks）和Ka/Ks值，用以评估基因的进化速率。在RAxML-7.0. 3和MrBayes3.2. 2软件中，分别构建基于最大似然法（ML）和贝叶斯法（BI）的系统发育树。利用PartitionFinder选择2种建树方法采用的最优分区和模型。[结果]盲蝽科昆虫线粒体蛋白编码基因的A+T含量为75.5%,atp8的A+T含量最高（83.4%）。起始密码子均为典型的ATN，且ATG和ATT的使用频率较高；终止密码子TAA和T的使用频率较高，TAG较少使用。使用频率最高的同义密码子是UUA（L），且第三位点为A/T的密码子使用频率较高。所有蛋白编码基因的Ka/Ks值都小于1，受到纯化选择的作用。其中，cox1的进化速率最慢，atp8的进化速率最快。ML和BI发育树结果一致，且节点支持率均较高（PP=1.00/BP>73），网蝽科作为外群为一支，盲蝽亚科和叶盲蝽亚科互为姐妹群。在盲蝽亚科中，狭盲蝽族Stenodemini和盲蝽族Mirini互为姐妹群关系。盲蝽族内系统发育关系为：（Apolygus+Lygus）+（Adelphocoris+Creontiades）。[结论]本研究为盲蝽科昆虫的分子进化信息增添了有益的数据，同时也为后续的盲蝽科系统发生关系奠定了科学基础。

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项目基金:《昆虫学报》网址: http://www.kcxbzz.cn/qikandaodu/2021/1103/1031.html